Saat ini, ada dua jenis bahan bakar yang diproduksi dari fermentasi limbah, yaitu gasohol (alkohol) dan biogas (metana).

Gasohol 

Pada tahun 1970-an, harga minyak meningkat, sehingga banyak negara mencoba untuk mencari energi alternatif. Salah satunya adalah dengan menggunakan bahan bakar berbahan baku nabati (biofuel), misalnya gasohol.

Gasohol bersifat murah, dapat diperbaharui dan tidak menimbulkan polusi. Bahan baku yang banyak digunakan adalah tebu. Setelah tebu diambil gulanya, maka tersisa limbah beserat yang disebut bagasse. 

Proses pembuatan gasohol meliputi 5 langkah yaitu:

1. Penanaman tebu

2. Ekstrak gula dengan menggilas tebu

3. Pengkristalan sukrosa

4. Fermentasi molase menjadi alkohol

5. Destilasi (penyulingan)

Biogas 

Alternatif bahan bakar masa depan untuk menggantikan minyak selain gasohol adalah biogas. Biogas dibuat melalui fase fermentasi anaerob dalam fermentasi limbah kotoran organisme. 

Hasil penguraian senyawa organik yang dijadikan sumber energi adalah gas metana. Ada 3 kelompok mikroba yang menghasilkan gas metana:

1. Kelompok bakteri fermentatif yaitu, Streptococci, Bacterioides dan Enterobacteriaceae.

2. Kelompok bakteri asetogenik, yaitu Kethanobacillus dan Desulfovibrio.

3. Kelompok bakteri metana, yaitu Methanobacteriu, Methanobacillus dan Methanococcus.

Ketiga kelompok bakteri tersebut bekerja sama dalam pembentukan biogas. Meskipun yang mendominasi fermentasi metana adalah Methanobacterium